ترتبط شعبة الشؤون العلمية بمكتب السيد معاون العميد للشؤون العلمية وتم إصدار الهيكلية التنظيمية من قبل رئاسة جامعة بغداد بالتعاون مع شعبة التخطيط والمتابعة وتم اعتبارها شعبة مستقلة تقوم هذه الشعبة بتنظيم المؤتمرات العلمية بالتنسيق مع جامعة بغداد قسم الشؤون العلمية من خلال تزويد الجامعة بالمعلومات عن موعد انعقاد المؤتمرات وعناوينها، ومن مهام الشعبة الأخرى نظام البحوث المخططة والمنجزة وهو عمل دوري لكل ثلاثة أشهر وحسب كتاب جامعة بغداد/ قسم الشؤون العلمية المرقم 18706 في 13/7/2009 لمتابعة التدريسيين وحثهم على كتابة البحوث ضمن مراحلها المخططة والمنجزة والمنشورة وتقوم الشعبة بمخاطبة الجامعة وإرسال عناوين البحوث وفق نظام خاص قامت على أساسها الجامعة بفتح دورة لهذا النظام للفترة من 20/7-27/7/2008 ومازال العمل مستمراً بين الجامعة والشؤون العلمية، ومن أعمال الشعبة الأخرى الأعمال المشتركة بين الجامعات والقطاعات مثل وزارة التربية والدوائر والقطاعات الأخرى مثل إلقاء المحاضرات ومدى استمرارية العمل ويتم تزويد الجامعة بهذه الأعمال كل ثلاثة أشهر وحسب كتاب جامعة بغداد/ قسم الشؤون العلمية المرقم 6696 في 23/6/2009.
وقد تم تأسيس قاعدة معلومات لأعضاء اللجان العلمية في الأقسام العلمية كافة مع السيرة الذاتية لكل عضو منهم وحسب كتاب الجامعة المرقم 25867 في 30/9/2009.
اعمال الشعبة :
1 – الاجازات الدراسية.
2 – اتلاف الدفاتر.
3 – الية التعاون العلمي.
4 – التخرج العلمي